對於不同的目的，應采用不同的檢測方法。用染料和生物大分子結合形成有色的複合物是電泳後檢測最常用的方法.

（七）聚丙烯酰胺凝膠電泳結果不正常現象和對策

1．指示劑前沿呈現兩邊向上或向下的現象。向上的“微笑”現象說明凝膠的不均勻冷卻，中間部分冷卻不好，所以導致凝膠中分子有不同的遷移率所致。這種情況在用較厚的凝膠以及垂直電泳中時常發生。向下的“皺眉”現象常常是由於垂直電泳時電泳槽的裝置不合適引起的，特別是當凝膠和玻璃板組成的“三明治”底部有氣泡或靠近隔片的凝膠聚合不完全便會產生這種現象。

2．“拖尾”現象是電泳中最常見的現象。這常常是由於樣品溶解不佳引起的，克服的辦法是在加樣前離心，選用合適的樣品緩衝液和凝膠緩衝液，加增溶輔助試劑。另一方法是降低凝膠濃度。

3．“紋理”現象常常是由於樣品中不溶顆粒引起的，克服辦法是增加溶解度和離心除去不溶性顆粒。

4．蛋白帶偏斜常常是由於濾紙條或電極放置不平行所引起的，或由於加樣位置偏斜而引起。

5．蛋白帶過寬，與鄰近蛋白泳道的蛋白帶相連，這是由於加樣量太多或加樣孔泄漏引起的。

6．蛋白帶模糊不清和分辨不佳是由於多種原因引起的。雖然梯度凝膠可以提高分辨率，但與其他方法相比，常規聚丙烯酰胺凝膠電泳是分辨率較低的方法。為了提高分辨率，不要加過多的樣品，小體積樣品可給出窄帶。加樣後應立即電泳，以防止擴散。選擇合適的凝膠濃度，使組分得以充分的分離。通常靠近前沿的蛋白帶分辨率不佳，所以應根據分子量與凝膠孔徑的關係，灌製足夠長度的凝膠，以使樣品不會走出前沿。樣品的蛋白水解作用也引起擴散而使分辨率降低。水解作用通常發生在樣品準備的時候，係統中的內源性蛋白酶會水解樣品蛋白，如果在緩衝液中加蛋白酶抑製劑可以減少這種情況的發生。

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